U 20-30% nemocných i přes správnou farmakologickou léčbu a respektování režimových opatření epileptické záchvaty nadále přetrvávají. Tito nemocní trpí tzv. farmakorezistentní epilepsií. Jejich léčba by již neměla spočívat pouze v rukou běžného neurologa, ale takový nemocný by měl být vyšetřen na specializovaném epileptologickém pracovišti, kde bude diagnóza jeho onemocnění upřesněna a budou posouzeny další nefarmakologické způsoby léčby U významné části pacientů s farmakorezistentní epilepsií je možné odstranit záchvaty, či alespoň významně snížit jejich frekvencí léčbou operační. Zda je operační řešení u daného jedince indikované, event. jaký operační postup je nejvhodnější (klasická operace či stimulace bloudivého nervu) musí přísně individuálně a pečlivě posoudit specializovaný interdisciplinární tým.